Olá Fabiana
A baixa do CNPJ pode ser transmitida tanto pelo CPF do cliente (sócio/administrador) quanto pelo CPF do contador, não sendo obrigatório que seja feita pelo contador. O ponto essencial é que a solicitação esteja assinada com certificado digital válido (e-CPF do responsável legal ou e-CNPJ) ou, no caso do contador, que exista uma procuração ativa na RFB.
Mesmo com a exclusão do Simples por dívida e o enquadramento automático no Lucro Presumido, a baixa é permitida, porém exige atenção às pendências: é fundamental que as obrigações acessórias (como DCTF/DCTFWeb, EFD-Contribuições, ECF e, se aplicável, ECD) estejam entregues ou regularizadas, além de verificar eventuais pendências cadastrais na Junta Comercial.
Na prática, o contador costuma transmitir por segurança operacional, mas não é obrigatório; o mais importante é garantir que a empresa esteja regular ou ao menos declarada antes de solicitar a baixa, para evitar exigências ou indeferimento.
Espero ter ajudado.