Olá Kevellyn, tudo bem?
Sim. Mesmo estando no CPF, o aluguel do ateliê pode ser considerado despesa da atividade do MEI, desde que haja comprovação de que o imóvel era utilizado para o exercício da empresa.
Isso pode ser utilizado na apuração do lucro efetivo para distribuição de lucros isentos no IRPF, especialmente quando há contabilidade regular e documentação comprobatória.
Espero ter ajudado.