Olá Carla, tudo bem?
Se o valor decorre de serviço prestado pelo MEI, o correto é reconhecer como receita da empresa, mesmo que tenha entrado inicialmente na conta da pessoa física; a transferência para a PJ deve ser tratada apenas como regularização financeira, não sendo adequado classificar como aporte ou mútuo, pois isso descaracteriza a natureza da operação e pode gerar riscos fiscais.
Espero ter ajudado.