Olá Patrícia, tudo bem?
O correto é fazer a apuração das receitas e transmitir a declaração anual, pois é a partir daí que ocorre a confissão dos débitos e eles passam a aparecer no e-CAC.
Porém, como a empresa foi aberta em setembro, o limite do MEI deve ser proporcional. Nesse caso, o limite seria em torno de R$ 20.250. Como houve faturamento de R$ 38.000, houve excesso superior a 20%, o que gera desenquadramento retroativo do Microempreendedor Individual.
Sendo assim, não é possível permanecer como MEI. O correto será regularizar a empresa como optante do Simples Nacional desde a abertura e refazer a apuração dos tributos.
Sobre os débitos, após a regularização, eles poderão ser parcelados normalmente.
Segue o link das aulas que abordam o tema.
Espero ter ajudado
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-curso-pratico-de-mei