Boa tarde, Dayse
Tudo bem?
Sobre a emissão de nota fiscal, você pode realizar a emissão da nota fiscal avulsa sem problemas, só irá precisar criar o cadastro para realizar a emissão.
Quanto ao site do Sebrae, a emissão também é possível, mas precisa do certificado digital para a emissão, se a empresa têm, não tem problema nenhum também.
Espero ter ajudado.