Olá. boa tarde!
Como o veículo foi comprado em nome do CNPJ, ele é considerado um Bem do Ativo Imobilizado da empresa. Portanto, o MEI deve, sim, emitir uma Nota Fiscal para formalizar a venda para a outra empresa.
Como o MEI geralmente possui apenas Inscrição Municipal (para serviços), para emitir Nota Fiscal Eletrônica de venda de produtos (mercadorias/ativos), ele precisará solicitar o credenciamento na SEFAZ do seu estado. Alguns estados, permitem a emissão de Nota Fiscal Avulsa. É importante consultar no fisco do seu estado para certificar.
Deve utilizar o CFOP 5.551 para Venda de bem do ativo imobilizado (dentro do mesmo estado).
O CSOSN correto para essa operação de venda de ativo (sem tributação pelo Simples Nacional dentro do DAS) é o 0400 (Não tributada) ou 0300 (Imune), dependendo da regra da SEFAZ local. A receita dessa venda não entra na base de cálculo do DAS mensal.
Espero ter ajudado.