Olá Andreia, tudo bem?
Como o Mei tem um recolhimento de INSS e FGTS na mesma Guia e vc já pagou o INSS, vc consegue editar a guia na DCTFWEB e deixar apenas o FGTS selecionado, assim ao emitir a guia para pagamento terá apenas o valor do FGTS.
Espero ter ajudado.