Olá Regiane, tudo bem?
Débitos de MEI podem ser parcelados.
No e-Cac: parcelamento comum, se a dívida ainda não estiver inscrita em dívida ativa.
No Regularize: se já estiver em dívida ativa, podendo haver descontos em multa e juros conforme editais vigentes.
As DASN-SIMEI em atraso também precisam ser entregues, mesmo com o MEI baixado.
Sobre não aparecer no CPF: isso é comum. A dívida fica vinculada primeiro ao CNPJ e pode demorar para refletir no CPF do titular, mesmo após a baixa. Por isso a consulta pelo CNPJ costuma aparecer antes.
Espero ter ajudado.
