Bom dia, Rute
Tudo bem?
São situações diferentes, essa atividade no MEI, pressupõe que a sua cliente compra os produtos de um produtor rural e revende. Naturalmente pela atividade dela, vai conseguir realizar a emissão de nota fiscal, verifique no estado se não tem a orientação para emissão de nota fiscal avulsa, e se não tiver, será preciso fazer um certificado digital para a transmissão da Nota fiscal eletrônica.
Agora, como você falou que ela mesmo planta e vende para o supermercado, então ela é detentora da terra, então teria que solicitar a inscrição de produtor rural no seu estado, e verificar qual a documentação que pede, com a inscrição, você já conseguirá emitir a nota fiscal avulsa como produtora rural, lembrando que essa opção é no CPF, então tem que analisar qual a melhor opção para a sua cliente.
Espero ter ajudado e fico a disposição.