Olá Fabiana
Se a MEI comprou materiais ou pagou despesas em nome do cliente (com nota fiscal emitida no CNPJ do tomador) e apenas antecipou o pagamento, o valor do reembolso não tem natureza de receita, pois não corresponde à prestação de serviço nem à venda de mercadoria, mas sim à restituição de um valor pago por conta de terceiros. Contudo, na prática, se esse valor for incluído na mesma NFS-e junto com o valor da prestação, o sistema da prefeitura e os cruzamentos da Receita Federal podem considerar o total da nota como receita bruta, impactando o limite anual de R$ 81.000 do MEI e podendo gerar distorção no faturamento declarado. Por isso, a forma mais segura é emitir nota fiscal somente pelo valor do serviço prestado e formalizar o reembolso separadamente, mediante recibo ou relatório de despesas, anexando as notas emitidas no CNPJ do cliente e os comprovantes de pagamento.
Caso o cliente exija que o reembolso conste na nota, é possível discriminar detalhadamente no campo de descrição que se trata de “reembolso de despesas pagas em nome do tomador, sem natureza de receita”, mas é importante ter ciência de que, para fins sistêmicos e de fiscalização, o valor total da nota pode ser tratado como faturamento do MEI.
Espero ter ajudado.