Olá Jaceline, tudo bem?
Essa divergência não tem relação com ter ou não empregado.
Ao deixar de ser MEI (ou ficar em débito que gere desenquadramento), a empresa passa a ser obrigada a entregar GFIP, mesmo sem movimento.
Quando a GFIP não é entregue, o sistema da Receita/INSS presume que havia fato gerador e cruza isso como GFIP x GPS divergente, gerando essa pendência no e-CAC.
Por isso ela não aparecia antes e surgiu agora após a regularização.
A solução é transmitir a primeira GFIPs em atraso sem movimento na competência após o desenquadramento do MEI. Após o envio, a pendência é baixada automaticamente pelo sistema.
Segue link da aula para te auxiliar:
Espero ter ajudado.
