Olá Marcele, tudo bem?
A baixa do pagamento do parcelamento não aparece imediatamente no sistema do Simples Nacional. Mesmo após pagar a primeira parcela, pode levar 24 a 72 horas para a pendência sair da Receita/Dívida Ativa. Se você consultou muito cedo, ainda não deu tempo de processar.
Quanto à pendência na prefeitura, o caminho é esse mesmo: verificar o débito, regularizar e aguardar a atualização no sistema.
Depois que todos os órgãos baixarem as pendências, o pedido de reenquadramento tende a ser deferido normalmente.
Espero ter ajudado.

