Olá, boa noite!
Vamos por partes.
Temos 3 entes federativos, que se comunicam, mas não trocam as mesmas informações entre si: Federal, estadual e municipal.
Possivelmente a certidão que você emitiu e não teve pendências, foi a certidão de débitos federais. Com não há débitos federais, ela vai sair zerada. Porém, a certidão federal não leva em conta possíveis débitos estaduais e municipais. Pois há a separação dos entes, cada um na sua responsabilidade.
Quanto a EFD-ICMS, ela é obrigatória sempre, mesmo sem movimento, para empresas do Lucro Presumido ou Real. O ICMS se trata de um tributo ESTADUAL, por isso não apareceu na certidão federal. Logo, você vai precisar fazer esses envios, a fim de regularizar as pendências da empresa.
E você não consegue desativar de forma retroativa. Deve primeiro, declarar os períodos pendentes até o presente, para assim, solicitar a baixa da inscrição junto ao governo de São Paulo.
