Olá Gessica, tudo bem?
Sim, devem ser consideradas as duas partes.
No caso de MEI sem contabilidade, a renda da pessoa física é composta pela parcela isenta (apurada pela presunção) e pela parcela tributável.
Para fins de comprovação de renda, inclusive em bancos, o correto é utilizar a soma das duas, pois isso representa o rendimento total efetivo da pessoa física.
Espero ter ajudado.