Olá Nataly
Para regularizar a situação do MEI que possui empregado registrado apenas formalmente, sem pagamento de salários e sem recolhimentos, é obrigatório reconstruir toda a linha do tempo do vínculo desde a admissão.
Não existe forma legal de fazer a rescisão sem antes declarar os meses em aberto. O procedimento correto é gerar, mês a mês, as folhas de pagamento retroativas no eSocial, ainda que nunca tenha havido pagamento, informando a remuneração devida conforme o salário registrado.
Cada competência enviada irá gerar débitos de INSS na DCTFWeb, que não precisam ser pagos imediatamente, apenas confessados, para posterior consolidação e parcelamento junto à Receita Federal. O FGTS também deverá ser apurado mês a mês com base nas informações do eSocial, sendo posteriormente parcelado em sistema próprio (FGTS Digital/Caixa), pois não entra no parcelamento da RFB.
Somente após a transmissão de todas as competências em atraso, com INSS e FGTS devidamente declarados, é que a rescisão poderá ser feita corretamente no eSocial, com cálculo das verbas rescisórias e FGTS rescisório.
Espero ter ajudado.