Olá Cleyson, tudo bem?
Existe risco de questionamento, sim, principalmente se a LTDA da esposa passar a exercer exatamente a mesma atividade, no mesmo local, com os mesmos clientes, fornecedores e estrutura do MEI. Nesses casos, a fiscalização pode entender que houve apenas uma substituição formal do titular para evitar os efeitos do desenquadramento do MEI.
Por outro lado, não há vedação legal para que a esposa constitua uma empresa própria e exerça atividade semelhante, desde que haja efetiva autonomia empresarial e não uma mera continuidade disfarçada do negócio anterior.
Portanto, a análise não se limita aos CNPJs ou aos sócios envolvidos, mas à realidade dos fatos. Quanto maior a independência operacional e gerencial da nova empresa, menor tende a ser o risco de caracterização de simulação ou planejamento tributário abusivo.
Espero ter ajudado