Oi, Priscila.
É possível sim realizar a baixa, contudo, não é recomendado, o ideal é que seja realizado a regularização do CNPJ para que depois possa ser realizado a baixa.
Ela pode optar por pagar a vista as guias do DAS ou então parcelar e após isso baixar o CNPJ para que a divida não vá para o seu CPF.
Espero ter ajudado.
Abraços.