Olá, bom dia!
Mesmo sem proibição explícita na legislação municipal, um servidor público pode enfrentar conflitos ao abrir MEI, principalmente por ser o administrador da própria empresa, o que é vedado em estatutos de diversas esferas. O risco principal envolve conflito de interesses, dedicação exclusiva ou normas éticas, podendo gerar Processo Administrativo Disciplinar (PAD) e exoneração.
Não é aconselhável fazer esse processo de abertura de MEI para este caso.