Olá Ana
Na operação interestadual do PR para MG, sem protocolo entre os estados, a responsabilidade pelo recolhimento do ICMS-ST é do destinatário (seu cliente MEI em Minas Gerais), por meio de antecipação tributária com encerramento; nesse caso, como a operação é interestadual com alíquota de 4% (mercadoria importada), o cálculo deve ser feito utilizando a MVA ajustada (e não a original), justamente para equalizar a carga tributária interna de MG.
Espero ter ajudado.