Olá Higor
A rejeição "Emissor não habilitado para emissão da NF-e/NFC-e" geralmente não significa que o CNPJ esteja inapto, mas sim que a empresa não está autorizada pela SEFAZ a emitir esse tipo de documento fiscal. As causas mais comuns são falta de credenciamento para NF-e/NFC-e na SEFAZ do estado, inscrição estadual suspensa ou com alguma restrição, tentativa de emissão de um modelo fiscal para o qual o MEI não está habilitado, problemas com o certificado digital, utilização do ambiente errado (produção ou homologação) ou alguma alteração cadastral recente que ainda não foi atualizada nos sistemas da SEFAZ. É recomendável consultar a situação da inscrição estadual e confirmar o credenciamento para emissão de NF-e junto à SEFAZ da respectiva UF.
Espero ter ajudado.