Olá, Fernanda, tudo bem?
Vou recomendar que você assista a algumas de nossas aulas para que possa te auxiliar melhor.
A primeira é sobre como realizar o processo na Junta Comercial (lembrando que a empresa precisa continuar como Empresário Individual para, posteriormente, fazer novamente a opção pelo Simples Nacional e depois pelo MEI):
A segunda aula explica como fazer a opção de reenquadramento:
Também é importante que você gere um relatório de pendências no e-CAC para verificar se há alguma pendência.
Espero ter ajudado.