Olá, boa noite!
Você não consegue enviar a declaração do MEI com o valor superior ao permitido. Precisa efetuar o desenquadramento antes do envio. Se for até 20% acima, o desenquadramento vale a partir de janeiro do ano seguinte ao da ocorrência.
Depois você consegue fazer o encerramento, como uma empresa normal já, e pode tentar abrir outro MEI. Não há problemas, desde que esteja regular.
Espero ter ajudado.