Olá Isis, bom dia.
Você pode informar no CNPJ as atividades de pilates e estética. No campo de endereço, você pode detalhar no complemento que a empresa ocupa duas salas em andares diferentes do mesmo prédio. Isso é comum e aceitável, desde que todas as atividades estejam devidamente registradas e descritas no CNPJ.
Não é necessário registrar uma filial se ambas as atividades são realizadas no mesmo prédio, mesmo que em andares diferentes. A abertura de uma filial é mais indicada quando as atividades são realizadas em locais distintos, como em prédios ou cidades diferentes.
Espero ter ajudado