Olá Gabriel
As obrigações é enviada pelo Certificado digital do condomínio. Nesse caso, solicite apenas o Certificado digital do CNPJ dos condomínios.
A ECF que é uma obrigação anual, vai precisar do Certificado digital do responsável pelo CNPJ, nesse caso, você precisa do Certificado digital CPF do síndico se ele for o responsável perante a Receita Federal.
Espero ter ajudado.