Olá Natallie
Não tem problema o endereço ser Residencial. Para saber sobre a Taxa de Alvará, recomendo que entre em contato com a Prefeitura para maiores esclarecimento, pois cada município tem sua legislação própria.
Em relação a alteração no CNPJ, será preciso realizar uma alteração Contratual, ou seja, vai precisar de Viabilidade - DBE - E arquivar o novo contrato com endereço atualizado na Junta Comercial do Estado.
Espero ter ajudado.