Olá Patrícia
É possível alterar o contrato e substituir o sócio, mesmo inapta. Se a empresa for LTDA, em caso de enquadramento jurídico EI - Empresário individual, precisa verificar se a Junta comercial aceita em um único processo).
Recomendo regularizar ao menos parte da situação fiscal antes de tentar a alteração, pois isso reduz o risco de rejeição do arquivamento pela junta comercial.
A filha continua responsável pelos débitos anteriores à alteração, mesmo após a retirada do quadro societário. A simples alteração contratual não transfere a responsabilidade tributária para o novo sócio (pai), exceto se comprovada fraude ou simulação.
A abertura de nova empresa em nome da filha é possível, desde que não haja impedimentos cadastrais em seu CPF.
Espero ter ajudado.