Olá Daniele
Você pode incluir CNAEs de diferentes áreas, desde que sejam coerentes com o objeto social e com a natureza da operação da empresa.
Por exemplo: É perfeitamente possível incluir atividades como instalação de sistemas de segurança, manutenção de sistemas de ar-condicionado ou instalação de painéis solares. Mas não é recomendado incluir, por exemplo, restaurante ou comércio varejista de roupas, pois foge totalmente do escopo técnico e pode gerar inconsistências fiscais e até exclusão do Simples Nacional se o faturamento dessas atividades for incompatível.
Não existe um limite máximo de CNAEs que uma empresa possa ter no CNPJ. Na prática, o sistema da Receita Federal e da Junta Comercial limita o campo a 99 CNAEs secundários.
Espero ter ajudado.