Boa tarde, Natália,
A alteração da inscrição municipal em São Paulo para inclusão de CNAE pode ser feita de mais de uma forma, e o caminho que você seguiu parece correto para a situação descrita.
O sistema da Prefeitura de São Paulo permite que alterações cadastrais sejam solicitadas pelo portal eletrônico da Secretaria Municipal da Fazenda, o SF.net, ou pelo sistema integrado de abertura e alteração de empresas. Quando não há certificado digital disponível, seja do contador ou da empresa, o acesso com senha web é de fato a alternativa prevista para esse tipo de operação.
Ao preencher o formulário online e gerar o protocolo, você já iniciou formalmente o processo de alteração. Em regra, não é necessário comparecer presencialmente a nenhuma unidade da Prefeitura após a geração do protocolo eletrônico, justamente porque o sistema foi desenhado para que o trâmite ocorra de forma digital. O protocolo gerado é o comprovante de que a solicitação foi recebida e está em análise.
Quanto ao prazo, a Prefeitura de São Paulo costuma processar alterações cadastrais simples, como a inclusão de um CNAE, em até dez dias úteis, mas esse tempo pode variar conforme a demanda da fila de análise. Em períodos de maior volume, como início de ano ou após feriados prolongados, o prazo pode se estender um pouco. O acompanhamento pode ser feito pelo próprio portal, utilizando o número do protocolo gerado.
Um ponto importante a verificar: confirme se o CNAE que está sendo incluído é compatível com a atividade já cadastrada e se não exige nenhuma licença ou vistoria prévia, como ocorre com algumas atividades sujeitas à fiscalização sanitária ou de vigilância. Nessas situações, a Prefeitura pode condicionar a aprovação da alteração à apresentação de documentação adicional ou à realização de inspeção, o que naturalmente estende o prazo.
Se após quinze dias úteis não houver movimentação no protocolo, recomendo acessar o portal novamente para verificar se foi solicitado algum complemento documental, ou entrar em contato com a Central de Atendimento da Secretaria Municipal da Fazenda pelo telefone 156, opção Fazenda, para verificar a situação do processo.