Olá Alex, boa tarde.
A situação que você descreve sugere que o CNPJ ainda está ativo, apesar de constar como inapto. A baixa de uma empresa é um procedimento formal que deve ser realizado junto aos órgãos competentes, como a Receita Federal e a Junta Comercial. Se o CNPJ ainda está registrado como inapto e possui dívidas ativas, é possível que a baixa não tenha sido concluída corretamente.
Para confirmar se o CNPJ foi de fato baixado, você pode verificar os registros na Junta Comercial e na Receita Federal.
Espero ter ajudado!