Olá William, tudo bem?
Neste caso, o ideal é regularizar todas as pendências da empresa, como as obrigações em atraso (DEFIS, DCTFweb e PGDAS). Após a regularização, você pode proceder com a baixa da empresa.
Depois de concluir a baixa, será possível abrir um novo MEI, desde que o cliente atenda aos requisitos necessários para o novo registro.
Espero ter ajudado!