Olá @Daynny Letícia Barros De Almeida Melo , boa tarde!
O primeiro passo e muito importante antes de iniciar a baixa de um CNPJ é verificar se não possui pendências, como por exemplo:
Emitir certidões negativas de débitos federais, estaduais e municipais;
Verificar se não possui funcionários ativos para fazer a rescisão;
Verificar se não possui estoque fiscal para ser dado baixa.
Após confirmar que não existe nenhuma pendência, o processo de baixa de uma empresa é feito em apenas duas etapas: criação do DBE de baixa e registro digital do distrato social.
Recomendo que verifique também se já foi feito o Distrato de Prestação de Serviços com a antiga contabilidade.