Olá Hellen, boa noite.
Vamos lá:
1 - Sim, quando entregar todas as declarações pendentes, o CNPJ volta a ser ativo.
2 - Sim, depois que regularizar você pode solicitar a baixa ou manter o CNPJ ativo até Janeiro/2025, quando é possível optar pelo MEI se atender os requisitos.
3 - Normalmente não se tem custo pela baixa, sugiro confirmar na junta comercial do seu estado.
O valor a se cobrar vai depender muito da sua localidade, experiência, disponibilidade, aqui mantemos o valor de meio salário mínimo.
Espero ter ajudado.