Olá, Luciane! Tudo bem?
Para realizar a baixa do CNPJ, o primeiro passo é regularizar a situação, já que o CNPJ está inapto.
Acesse o e-CAC e verifique a situação fiscal do CNPJ para identificar as pendências (provavelmente a falta de envio de declarações). Regularize o CNPJ resolvendo essas pendências, e ele voltará a ficar ativo. Somente após isso, você poderá iniciar o processo de baixa.
No nosso curso de legalização, temos aulas específicas sobre o processo de baixa que pode te auxiliar de forma mais detalhada.
Segue abaixo o link dos cursos, lembrando que os cursos são voltados para os sites do Regin, Rede Simples e Empresa fácil. Neste caso você pode verificar qual site o seu estado utiliza para abertura de empresa.
Nessa aula, o professor mostra no slide a diferença dos sistemas entre os estados:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/105685-abertura-alteracao-e-baixa-de-empresas-regin/2524656-conceitos-iniciais

Conforme a imagem, o Rio Grande do Sul, utiliza o site do Rede Simples.
Aulas de cada sistema:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/89889-abertura-alteracao-e-baixa-de-empresas-rede-simples
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/105685-abertura-alteracao-e-baixa-de-empresas-regin
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/98778-abertura-alteracao-e-baixa-de-empresas-empresa-facil
Espero ter ajudado!