Olá Tyrone
Como a empresa já é Sociedade Limitada, essas alterações podem ser feitas em um único processo.
Solicita o DBE com o evento de alteração de responsável pelo CNPJ- Seleciona também o QSA. Na Aba QSA você vai informar a saída do sócio. Com DBE aprovado, é ir para a Junta Comercial e dar entrada no requerimento.
Segue em anexo um modelo da Junta Comercial de SP, que pode ser usado em outros estados também.
Espero ter ajudado.
MODELO-ALTERACAO-PARA-SOCIEDADE-UNIPESSOAL.pdf