Olá Joan, boa tarde. Ela pode atuar como veterinária sendo autônoma, assim não interfere na atividade da empresa e ela mantem os ganhos e gastos separados, em algumas prefeituras, é possível emitir nota fiscal de autônomo.
Atividades de comércio precisam de sistemas próprios para emissão do cupom fiscal, atividades de serviços fazem suas emissões pelo site da prefeitura normalmente.
Caso ela deseje usar o CNPJ para atuar, precisa desenquadrar, alterar a atividade, registrar em conselho e fazer a parte da vigilância sanitária, pode ser um custo alto no início.
Espero ter ajudado.