Olá, Mariele! Tudo bem?
Se a empresa tem os mesmos sócios, atua no mesmo endereço e as atividades são complementares, não faz sentido abrir dois CNPJs. O mais adequado seria manter um único CNPJ e incluir os CNAEs corretos para comércio e prestação de serviços. Além disso, dividir as operações em dois CNPJs pode gerar mais custos e complexidade administrativa, sem necessariamente trazer benefícios tributários.
Porém, para definir a melhor opção para o seu cliente, o ideal é realizar um planejamento tributário considerando a carga tributária, o enquadramento fiscal e os custos operacionais de cada cenário.
Nós temos um curso sobre planejamento tributário que pode te ajudar a entender melhor essas análises.
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/88371-planejamento-tributario
Além disso, para verificar particularidades tributárias da atividade, também é recomendado consultar uma consultoria tributária, como IOB e Econet.
Espero ter ajudado!