Olá Adrielli
A opção pela Natureza Jurídica Empresário Individual ou Sociedade Limitada não interfere na tributação. A ME pode ser EI ou LTDA, a diferença entre elas é que EI o patrimônio do sócio (caminhoneiro) se mistura com o da empresa, ou seja, caso a empresa tenha algum problema, os bens pessoais do sócio responde solidariamente, enquanto na Sociedade Limitada, como nome já diz, é limitado ao valor investido pelo sócio no capital social.
Como ele apenas presta o serviço de Motorista, ele pode se enquadrar como MEI caminhoneiro, de seu Faturamento Anual for de até R$ 251.600,00. Caso ultrapasse, o recomendo é a ME, na Natureza Jurídica LTDA.
Espero ter ajudado.