Olá Eliene, tudo bem?
O código de natureza jurídica não depende do regime tributário (lucro presumido, simples, etc.), mas sim do tipo jurídico da empresa. Por exemplo: sociedade limitada usa o código 206-2, empresário individual é 213-5, e assim por diante.
Se o sistema está acusando divergência nos dados do QSA, pode ser que os sócios ou administradores estejam com informações desatualizadas no cadastro da Receita Federal. Nesse caso, precisa conferir a ficha cadastral da empresa no CNPJ e no CPF do sócio para confirmar se os dados que você está informando no DBE estão idênticos aos que constam lá. Você consegue verificar no próprio e-cac as informações do sócio, acessando com a conta Gov.br dele.
Espero ter ajudado!