Bom dia Higor,
se o MEI foi desenquadrado pela Receita Federal ou Sefaz, você precisa verificar se existem pendências a serem regularizadas. Depois precisa fazer o processo na Junta Comercial do estado do MEI.
Tem aulas e mentorias com o professor Lian sobre desenquadramento e Legalização de empresas. Lá vai ter o passo a passo correto.
De antemão se o seu cliente vai continuar como empresário individual ou LTDA, você precisa alinhar com ele qual a melhor opção. Pois isso não é automático.
Espero ter ajudado.