Olá Valdecir, tudo bem?
Acredito que o responsável técnico não precise ser registrado como funcionário, desde que ele não tenha vínculo empregatício formal. No entanto, como a empresa provavelmente possui registro no CREA, recomendaria que você entrasse em contato com o CREA para confirmar as exigências específicas para o caso, garantindo que tudo esteja conforme a regulamentação.
Espero ter ajudado!