Olá Gabriel
1. Emitiu a Nota pela gov.br em qual site? Como MEI?
E a apuração está correto, é feita sobre os valores das Notas Fiscais. Obs. Precisa emitir Nota de todos os serviços ou venda de mercadorias, muitas vezes, clientes recebe em conta (PIX, transferência, máquina de cartão) e não emite Nota, por isso, esteja atento a isso também.
2. O Desenquadramento foi solicitado apenas no Portal do Microempreendedor, ou realizou o processo de alteração Contratual (Viabilizar - DBE - requerimento eletrônico)?
3. Verifique se no CRC do Estado é obrigatório informar as empresas as quais presta serviço.