Olá Isa, tudo bem?
Sim, uma empresa do Simples Nacional pode ter filiais, e é possível que cada uma tenha atividades diferentes. No entanto, quando as atividades são tão distintas, como uma loja de açaí e uma de materiais de construção, isso é no mínimo contraditório. Isso pode gerar inconsistências, especialmente em termos de tributação e enquadramento fiscal, já que cada atividade tem suas particularidades em relação à carga tributária, obrigações acessórias e regulamentações específicas.
Por isso, pode ser mais vantajoso abrir dois CNPJs distintos, cada um especializado na sua atividade, para evitar complicações na gestão fiscal e tributária.
Espero ter ajudado!