Olá Isaías
Uma opção é solicitar a procuração da empresa para seu certificado digital e assinar o DBE com ele.
As baixa que realizei não preciso de certificado digital, mas se já tentou e mesmo assim pede, essa pode ser uma opção.
Logo no início do DBE pergunta, se irá transmitir com certificado digital ou não, deixe a opção sem marcar e tenta reenviar, acredito que assim seja deferido.
Espero ter ajudado.