Olá Gessica. Bom dia.
Não se preocupe, essa é uma configuração muito comum para quem está começando com apenas um veículo e foca no operacional. Como a viabilidade na Prefeitura já deu Ok (o que costuma ser o maior gargalo devido ao zoneamento urbano), o fato de o endereço ser residencial não impede a abertura do CNPJ.
Ainda assim, para que o processo flua 100% sem pendências na Junta Comercial ou na Receita Federal, vale a pena se atentar a dois detalhes práticos sobre esse comprovante de endereço:
1º Como o comprovante está no nome de alguém que não faz parte do contrato social (não é o sócio), a Junta Comercial ou a própria Prefeitura (na fase do alvará/inscrição municipal) podem exigir a comprovação do vínculo do empresário com o imóvel.
Para evitar que o processo caia em exigência, anexe junto ao comprovante de endereço:
Se o imóvel for alugado: O contrato de locação em nome do sócio (ou onde o titular do comprovante apareça como locador/proprietário).
Se o imóvel for próprio de um parente/terceiro: Uma Declaração de Propriedade/Cessão de Imóvel ou Declaração de Residência assinada pelo titular da conta, com firma reconhecida, afirmando que o sócio reside e estabeleceu a sede administrativa naquele endereço.
2º No momento do preenchimento do cadastro (DBE / Junta Comercial), certifique-se de preencher o Tipo de Unidade como "Produtiva", mas com a observação (ou marcar a opção se houver no sistema) de que a atividade exercida no local é estritamente administrativa.
Como a transportadora opera na rua e não haverá armazenamento de carga, pátio de triagem ou circulação de caminhões no imóvel residencial, o fisco não costuma criar barreiras.
Ponto de Atenção Técnico: Fique de olho na liberação da Inscrição Estadual (SEFAZ). Como a transportadora realiza prestação de serviço de transporte (sujeita ao ICMS), algumas Secretarias de Fazenda estaduais são mais rigorosas com endereços residenciais. Ter a viabilidade da prefeitura aprovada ajuda muito, mas a comprovação do vínculo do imóvel será o seu principal argumento caso haja alguma fiscalização ou pedido de esclarecimento virtual pela SEFAZ.
Espero ter ajudado.