Olá Vanessa, boa tarde.
Mesmo sendo sócia administradora, o sistema do GOV.br verifica quem está registrado como responsável legal no Quadro de Sócios e Administradores (QSA) da Receita Federal. Se o seu nome não estiver como responsável principal, o sistema pode barrar a solicitação.
O GOV.br é vinculado ao CPF. Para alterar dados da empresa, é necessário que o CPF usado esteja vinculado como responsável legal no CNPJ.
Espero ter ajudado