Olá Júlio
Pergunta ficou um pouco confusa, mas irei responder de acordo com meu entendimento, se não for essa a resposta, me avise...
CNPJ de transporte escolar? Nesse caso será nota Fiscal de Serviço (Prefeitura) se o transporte é realizado dentro do município.
Para saber qual tipo de Nota emitir, precisa verificar qual rota do transporte. Se é realizado dentro do Município, é NFSe. Se é transporte intermunicipal e interestadual precisa do CTe.
Essa regra se aplica ao transporte escolar e Shoppe.
Espero ter ajudado.