Olá Silvia
Sim, esse valor pago como MEI pode ser recuperado. Após a regularização, consulte e solicite o reembolso através do Portal do Simples Nacional.
Em relação ao INSS, é recomendado que recolha desse período, pois ao desenquadrar não será considerado o pagamento para fins previdenciários. O INSS em regra Geral não se pode recolher retroativo, mas como o sócio consegue comprovar que tinha atividade nesse período, é aceito o recolhimento como Pró Labore.
Espero ter ajudado.