Olá! Boa noite.
O correto seria desenquadrar retroativo a 2024 visto o faturamento.
Mas recomendo que converse com o seu cliente antes de dar andamento no processo de desenquadramento, pois o desenquadramento retroativo vai gerar multas e juros.
Sobre sistema, temos o Calima, oneflow e macosystem que são mais em conta.
Espero ter ajudado.