Olá José, tudo bem?
Os valores médios praticados por colegas contadores costumam ficar em torno de:
R$ 350 a R$ 550 para migração simples de MEI para ME (desenquadramento voluntário)
R$ 1.000 a R$ 1.800 para migração por excesso de faturamento (+20%), incluindo regularização retroativa, cálculo de tributos e aplicação de multas e juros (cobrando-se cerca de R$ 120 a R$ 180 por mês retroativo)
Lembre-se de ajustar esses valores conforme a complexidade de cada caso, o volume de documentos e a sua região.
Espero ter ajudado.