Olá Silvia
Contador também demite Cliente.
Infelizmente esse caso acontece muito, e no final acaba caindo ao contador a responsabilidade solidária.
Legalmente não existe uma forma de justificar essas entradas, pois é obrigatório a emissão da Nota Fiscal, teria uma exceção se fosse adquirido de PF para PJ, mas nesse caso, precisa consultar a legislação Estadual para saber como é o processo dentro do Estado.
Você deu as duas opções justificáveis. 01 é se resguardar, enviando um documento por escrito com essas informações de orientação e alerta ao cliente e ele assinar para no futuro usar como defesa - caso precise, ou rescindir o contrato.
Espero ter ajudado.